Были созданы в соответствии с Временным положением об аппарате Федерального Собрания Российской Федерации, утвержденным распоряжением Президента РФ от 24 нояб. 1993 № 747-рп. В состав аппарата ФС РФ входили следующие структурные подразделения: Секретариат СФ ФС РФ; Секретариат ГД ФС РФ; Управление информационно-технологического обеспечения; Секретариат руководителя аппарата ФС РФ; Отдел кадров; Хозяйственный отдел; Пресс-служба; Служба развития.
По состоянию на 11 янв. 1994 (день первых заседаний палат ФС РФ) структура аппарата ФС РФ выглядела следующим образом: Секретариат руководителя аппарата ФС РФ; Юридический отдел; Отдел международного сотрудничества; Секретариат СФ ФС РФ в составе приемной руководства СФ, отдела документационного обеспечения согласительных процедур, отдела правового обеспечения деятельности СФ, организационного отдела; Секретариат ГД ФС РФ в составе приемной руководства ГД, отдела правового обеспечения законопроектной деятельности ГД, организационного отдела; Управление информационно-технологического обеспечения в составе отдела поддержки документооборота, протокольного отдела, редакционно-издательского отдела, информационно-технологического отдела, отдела информационно-правового обеспечения, архива, отдела контроля и проверки исполнения, справочной, отдела работы с письмами и приема граждан, информационно-аналитического сектора, библиотеки ФС РФ; Отдел кадров; Пресс-служба; Хозяйственный отдел; Служба развития.