Образована Указом Президента РФ от 10 июля 2001 № 828 в соответствии с Федеральным законом от 21 нояб. 1995 (ред. от 14 июля 2008) «Об использовании атомной энергии» в целях организации контроля деятельности, связанной с ввозом на территорию РФ ОТВС зарубежного производства. Деятельность С. к. регламентируется Положением о специальной комиссии по вопросам ввоза на территорию Российской Федерации облученных тепловыделяющих сборок зарубежного производства, утвержденным Указом Президента РФ от 31 июля 2003 № 858. Основными задачами С. к. являются: подготовка заключений о возможности ввоза на территорию РФ ОТВС зарубежного производства и соответствующих предложений для Правительства РФ; подготовка предложений Президенту РФ о решении проблем, которые могут возникнуть в результате ввоза на территорию РФ ОТВС зарубежного производства, а также в процессе их хранения и (или) переработки; сбор и анализ материалов, отражающих положение дел с ввозом на территорию РФ ОТВС зарубежного производства. Положение регламентирует также вопросы организации и обеспечения деятельности С. к. В соответствии с указанным законом С. к. представляет Президенту РФ и палатам ФС РФ ежегодные доклады о положении дел с ввозом в РФ ОТВС зарубежного производства.
В состав С. к. входят председатель комиссии и 20 членов — по 5 представителей Президента РФ, СФ, ГД и Правительства РФ. Председатель комиссии назначается Президентом РФ. Председатель комиссии и члены комиссии участвуют в ее работе на общественных началах.