Направлен на создание в системе прокуратуры РФ Следственного комитета, состоящего из Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ, следственных управлений Следственного комитета по субъектам РФ и приравненных к ним специализированных следственных управлений, в т. ч. военных следственных управлений Следственного комитета, а также следственных отделов по районам, городам и приравненных к ним специализированных следственных отделов, в т. ч. военных следственных отделов Следственного комитета. Организация и порядок деятельности Следственного комитета помимо Конституции РФ, Федерального закона «О прокуратуре Российской Федерации», иных федеральных законов и международных договоров определяются Положением о Следственном комитете при прокуратуре РФ, утвержденным указом Президента РФ от 1 авг. 2007, а также др. нормативными правовыми актами Президента РФ.
В соответствии с ст. 20.1, внесенной ФЗ в Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации», Следственный комитет возглавляет Первый заместитель Генерального прокурора — Председатель Следственного комитета при прокуратуре РФ, назначаемый на должность в том же порядке, что и Генеральный прокурор, — СФ по представлению Президента РФ. Председатель Следственного комитета имеет первого заместителя и заместителей, которые назначаются на должности Президентом РФ по представлению Председателя Следственного комитета. Председатель Следственного комитета в пределах установленных штатной численности и фонда оплаты труда работников (сотрудников) Следственного комитета при прокуратуре РФ и его структурных подразделений утверждает структуру и штатное расписание Следственного комитета и его структурных подразделений, определяет полномочия структурных подразделений, устанавливает порядок назначения на должность и освобождения от должности сотрудников.
С созданием Следственного комитета в прокуратуре появился орган, входящий в систему прокуратуры, но в организационном отношении функционирующий практически автономно, так как закон фактически не наделяет Генерального прокурора полномочиями по определению как его структуры, так и стратегии и тактики деятельности. В значительной мере к Председателю Следственного комитета и руководителям следственных подразделений перешли и полномочия Генерального прокурора, его заместителей и нижестоящих прокуроров по осуществлению надзора за процессуальной деятельностью следственных подразделений прокуратуры (а вместе с ними и следственных подразделений др. правоохранительных органов).